"ליגטורות סודיות" אלו ליגטורות שלא מוצגות כברירת מחדל ולכן יש להפעילן באופן יזום כדי שיוצגו. בדרך כלל אלה ליגטורות "קישוטיות" ואקספרמנטליות יותר שמפתח/ת הפונט לא רצה שיופיעו תמיד. בלטינית נפוצים שני השילובים האלה: st, ct. בעברית נפוצים: אל, אש, "וגם" וכו'. ליגטורות סודיות הן הפתעות קטנות שאתם/ן יכולים/ות לגלות על הפונט שרכשתם/ן עם הזמן.